Com a cidade ocupada por tropas portuguesas, um grande número de pessoas abandonou a Salvador e partiu para as cidades e vilas do Recôncavo. O principal local de organização da resistência foi a cidade de Cachoeira, de onde saiu as tropas libertadoras. O capitão-mor de Cachoeira informou ao brigadeiro Madeira de Mello a existência de três partidos organizados na Vila, o partido dos Brasileiros, o dos Europeus e o dos Negros, ressaltando que este último era o mais perigoso. A participação popular foi a força decisiva para a vitória dos baianos.
Outro lance espetacular da guerra aconteceu sobre o patrocínio do general Lima e Silva que, liderando uma tropa de 200 homens enviada pelo príncipe D. Pedro, desembarcou em Alagoas e viajou por terra até chegar a Feira de Santana onde treinou a tropa para a batalha. Os confrontos se estenderam durante meses em diversas partes da Bahia, no povoado de Conceição, na Ilha de Itaparica, em Itapuã, em Pirajá (onde ficou famosa a atuação do Corneteiro Lopes que contrariando a ordem de tocar o toque de recuar tocou o de atacar e degolar, crucial para a vitória dos baianos). Os portugueses, perdendo em todos os flancos, se amotinaram no largo do Campo Grande onde foram massacrados por brasileiros que chegavam do Garcia, da Vitória, Federação, Nazaré e Estrada da Liberdade.
A participação feminina e popular foi marcante nessa guerra que se travou sendo vencida pelos brasileiros no dia 2 de Julho de 1823, viraram heroínas a Sóror Joana Angélica, madre superiora do Convento da Lapa e Maria Quitéria, que se transverteu em homem para entrar na guerra, além da infinidade de heróis anônimos que deram seu sangue nessa luta que vai consolidar a separação entre Brasil e Portugal.
As marcas da guerra que se encerrou no dia 2 de Julho de 1823 está presente de forma marcante no cotidiano soteropolitano, em nomes de ruas e bairros, como Pirajá, Liberdade, 2 de Julho, Joana Angélica e tantos outros exemplos.